A6 II phase 2 du 06/2001 au 04/2004

En juin 2001, l'A6 C5 subit un léger restylage.
À l'avant, il y avait une nouvelle calandre qui se développait horizontalement jusqu'à la zone centrale du pare-chocs qui était presque divisée en deux parties, un modèle de calandre qui précédait celui qui sera plus tard adopté par Audi dans les voitures modernes ; les clignotants latéraux deviennent transparents, tandis qu'à l'arrière les sorties d'échappement sont rendues visibles et les feux de recul, auparavant fumés, deviennent blancs. À l'intérieur de l'habitacle, les améliorations les plus évidentes ont été le nouveau volant, les nouveaux inserts en bois et le contour en aluminium du tableau de bord. La gamme de moteurs diesel et essence est complètement révolutionnée.
La deuxième génération de l'A6 voit l'arrivée définitive de la version sportive RS6 équipée d'un V8 4,2 litres double suralimenté développant 450 ch.